Macの場合

ターミナル.appで、ファイルのあるディレクトリに移動
zip -0 -X ../example.epub mimetype
ひとつ上のディレクトリにmimetypeのみのzipアーカイブを作る
-0は圧縮率0、-Xは他のファイルを含めない
zip -r ../example.epub * -x mimetype
作ったzipファイルにmimetype以外すべてのファイルを追加
Macの場合は.DS_Storeができてしまうので、これも含めない指定が必要。
zip -r ../example.epub * -x mimetype */.DS_store

Windowsの場合

こちらが便利