ここからダウンロード 同じディレクトリに入れたらターミナルで
java -jar epubcheck-3.0.jar example.epub
こんな感じ。
ERROR: hcd5.epub/content.opf: 
ERROR: hcd5.epub/content.opf: Version not found
epubcheckでこんなエラーが出たのでcontent.opfの中の記述がおかしいのかと思って悩んでたらファイルが見つからないって話だったみたい。container.xmlで指定したパスがおかしかった。

こちらも参考