追記：
こちらろすさんに助けてもらって解決。（まあちょっと期待してたわけですがｗ）
オチとしてはxhtmlファイルにviewportの指定が抜けてました。
ちゃんと電書ちゃんにも書いてあるし！
.opfには書いてたんだけど、全部のファイルに必要だった。
ありがとうございます！
固定レイアウト試作初号ファイルをiBooksで見たらこの有様だよ！
結論から言うと、.opfに書く固定レイアウト指定
<meta property="rendition:layout">pre-paginated</meta>
こいつがあるとこうなってしまうらしい。
package要素の prefix="rendition: http://www.idpf.org/vocab/rendition/#" と両方、もしくはどちらかを削除したら直った。
さらに、iBooksで固定レイアウトを有効にする META-INF/com.apple.ibooks.display-options.xml ファイル（<option name="fixed-layout">true</option>って書くやつね）、これがある場合もこうなってしまうっぽい。（このxmlファイルでの指定はもう要らなくなったとは聞いたけど。）
でもこういう風に表示が変わるってことは（悪い方向にだけど）効いてるってわけで、何か他に必要な指定とかあるんだろうか？
うーん、EPUBですべてのデバイスという夢は遠いな...
参考：
しかし、EPUBの実践に即した情報ってホント少ないなぁ...
